В 1999 году Ваад Украины инициировал очередную попытку создать из существующих еврейских объединений представительную всеукраинскую еврейскую структуру, которая могла бы на высоком уровне осуществлять объединяющие и представительские функции.
Три всеукраинских еврейских объединения (Ваад Украины, Объединение иудейских религиозных организаций Украины, Общество еврейской культуры Украины) и Киевская городская еврейская община провели учредительный съезд и создали Еврейскую конфедерацию Украины (сопрезиденты – Ефим Звягильский, Сергей Максимов, Евгений Червоненко, председатель Попечительского совета – Мартин Котляревский, исполнительный вице-президент – Иосиф Зисельс). На съезде были также сформированы структурные органы ЕКУ – Попечительский и Координационный советы, Президиум, Совет регионов и Совет раввинов.